TeamViewerで、ファイルの持ち出し設定を禁止した場合、TeamViewerのファイル転送機能を使って、リモート接続先PCから接続元PCへデータを転送することはできなくなると思います。
上記の持ち出し禁止設定をした場合、FTPやSFTPで、接続先からファイルを転送することもできなくなるのでしょうか(セキュリティ上、できないことが望ましいです)。
TeamViewerのファイル転送機能禁止設定では接続元・接続先の間におけるTeamViewerのファイル転送機能(ドラッグ&ドロップによるファイルコピーを含む)を制限するものです。
接続先端末のFTP/SFTPを停止させるものではありません。接続先端末においてFTP/SFTPを停止させるのでしたら、別途ファイヤーウォール設定等で制限することをお勧めします。